Il est situé sur trois communes, trois communautés de communes et deux départements et présente deux aspects différents mais complémentaires. Le port amont, relativement récent, plus « moderne » où les bateaux sont accostés sur des pontons flottants. La partie « historique » située en aval de la passerelle, ancienne écluse, a conservé ses estacades en bois et ses cabanes et a quelques fois été appelée « petit port chinois ». Elle date des années 1880. C’est le seul port de ce type en Loire Atlantique, son aspect se rapproche de certains ports vendéens comme celui du Bec.

La configuration hydraulique du Port du Collet et l’implantation des places d’accostage des bateaux sont également particulières.

Le nouveau port amont, dans sa première zone, a été implanté dans le chenal de Millac (ancien étier du Collet) où convergent, au niveau des vannages du même nom, la charreau blanche (ou étier de Millac) qui sépare les communes des Moutiers et de Villeneuve et l’étier de la Taillée descendant de Bourgneuf. Dans cette zone les pontons se situent sur la rive gauche appartenant à la commune de Villeneuve.

Dans la deuxième zone du nouveau port, après la convergence du chenal de Millac et du fleuve côtier du Falleron (ancien bras du Dain), les pontons sont implantés rive droite. A noter que la quasi totalité des deux rives de cette partie est située sur la commune des Moutiers.

Dans le port créé à la fin du XIX^e siècle, en aval de la passerelle, les estacades sont situées sur les deux rives. D’aucuns pensent que le milieu du chenal marque la frontière avec la Vendée, il n’en est rien. La rive droite est sur la commune des Moutiers mais aussi la rive gauche jusqu’au barachois (enclave qui permet l’échouage de quelques petits bateaux) à partir duquel débute la commune de Bouin.

En fait la frontière entre les deux départements correspond au tracé ancien de l’étier du Daim qui séparait autrefois l’île de Bouin du continent.

Du fait de son emprise administrative sur différents territoires le port est géré par un syndicat intercommunal le SIVOM Bourgneuf Les Moutiers du Port du Collet, où siègent cinq élus de chacune des deux communes de Loire Atlantique.

Le port dispose de quarante places sur pontons dans sa partie amont accessibles aux bateaux de longueur inférieure à huit mètres, et de cinquante et une estacades dans l’ancien port. Les places sur pontons sont en location, par contre les estacades sont construites par les titulaires d’une Autorisation d’Occupation Temporaire (AOT) du domaine public portuaire délivrée chaque année par le SIVOM. Les cabanes sont également sous le régime de l’AOT.

Le nouveau et l’ancien port disposent chacun d’une cale de mise à l’eau.