Le Bourg-des-Moutiers est désigné d’abord comme le faubourg de Prigny. Le territoire s’organise au XIe siècle, après les destructions normandes. L’habitat se construit autour d’une antique nécropole christianisée au VIIe siècle.
En 1225, une première mention du « bourg des moutiers », Burgo monasterium, apparaît dans le cartulaire des sires de Rais. Le nom rappelle la présence de deux prieurés : un établissement de femmes qui détient le pouvoir seigneurial et un autre d’hommes qui exerce l’autorité spirituelle.
La commune, dont le premier maire est élu en 1790, prend le nom de Bourg-des-Moutiers et devient Les Moutiers, puis Les Moutiers-en-Retz en 1986.