La plupart des actes anciens parlent de la « ville de Prigny » et l’utilisation du mot oppidum dans les chartes du XIe siècle montrent que le site est fortifié autour d’un château (castrum). En bordure d’une ria de l’ancien golfe de Machecoul, il bénéficie d’une position élevée (25 mètres) et d’un port maritime. La ville ou bourg castral succède à l’oppidum gaulois puis gallo-romain. Prigny est parfois identifiée avec l’antique Briliacum où les envahisseurs normands se sont retranchés dans les années 850. La forme Prigny apparaît à la fin du XI^e siècle : Pruniacense opidum, territorio pruniacensi.

Le nom pourrait être issu du celte signifiant bois épais.